L’abitato di Badia Petroia è dominato dalla chiesa di Santa Maria e Sant’Egidio, appartenuta in origine ad un complesso abbaziale benedettino, ricordato per la prima volta in un documento del 972. Alla famiglia dei Marchesi di Colle, da cui si è originato il ramo dei Bourbon del Monte, apparteneva Ugo, fondatore dell’Abbazia di Petroia. La loro protezione sul monastero durò a lungo, ma non si protrasse tuttavia oltre il XV secolo. Nel 1403 infatti, il complesso religioso non era già più sotto la tutela dei marchesi, ma sotto quella di Città di Castello. L’Abbazia di Petroia è uno degli edifici romanici più importanti della regione, nonostante le vicende ecclesiastiche che la coinvolsero e i dissesti causati dai frequenti terremoti abbiano lasciato il segno, a livello architettonico. Numerosi sono stati gli interventi di riadattamento, che hanno causato una riduzione progressiva degli spazi stravolgendo così l’aspetto originario.
Tra i primi esempi in Umbria di chiesa basilicale a tre navate e tre absidi, l’edificio sorgeva su pianta longitudinale con copertura a tetto e transetto non sporgente, elevato su un’ampia cripta. Secondo un uso diffuso negli ambienti monastici la chiesa si sviluppava su tre diversi livelli pavimentali, rispondenti agli spazi che nelle funzioni liturgiche erano riservati rispettivamente ai fedeli, ai monaci e al clero officiante. Attualmente la chiesa appare decurtata di circa un terzo e priva delle navate laterali, adibite da tempo ad usi agricoli e ad abitazioni private. Entrando in quello che oggi è una sorta di singolare atrio, un tempo parte della chiesa riservata ai fedeli, vi sono robusti pilastri ottagoni. La facciata dell’attuale chiesa è costituita da un muro costruito nel XIV secolo, innalzato a causa dei vari terremoti che avevano danneggiato più volte l’edificio. Le formelle in terracotta a motivi geometrici e zoomorfi inserite all’esterno del muro, di influsso ravennate, appartengono sicuramente ad una costruzione più antica. La chiesa racchiude al suo interno anche un esaustivo repertorio di materiale erratico di epoca altomedievale e romanica. Sotto il presbiterio si estende la vasta cripta triabsidata, ascrivibile alla meta del secolo XI, suddivisa in tre vani affiancati e coperti da volte a crociera, poggianti su sei colonne e due pilastri. La cripta, attualmente non visitabile a causa dei danni subiti durante il terremoto del 1997, aveva in origine due ingressi, posti nelle navate laterali. Per la sua costruzione sono stati utilizzati capitelli e colonne di spoglio, queste ultime in travertino e in granito, mentre le altre di epoca preromanica sono in arenaria.
