La chiesa, oggi Santuario, fu costruita tra il 1363 e il 1381 dai Padri Serviti; della primitiva costruzione gotica rimangono soltanto il portale laterale, con i resti di un affresco tardogotico nella lunetta, l’abside e il campanile, mai ultimato, che riprende la tipologia di quello di San Domenico, impostato su quattro pilastri, col paramento di mattoni e di pietra a strati alternati. La costruzione rettangolare che sporge su via del Gonfaloniere non è che l’ampliamento seicentesco di un’antica cappella edificata nel 1489. Il portale, riccamente scolpito in pietra, è opera di un allievo del Bernini. L’interno è a navata unica; gli altari barocchi in legno intagliato e dorato provengono dalla chiesa di San Domenico. Nella cappella del Transito, a destra entrando dal fondo, è conservato un notevole affresco attribuito ad Ottaviano Nelli, raffigurante il Transito della Vergine, realizzato intorno al 1436, quando il pittore dipingeva anche nella vicina Sansepolcro. Di fronte alla cappella si trova l’Oratorio della Compagnia della Madonna, sul cui altare, dietro uno sportello, è collocata l’immagine della Madonna col Bambino tra i Santi Florido e Filippo Benizi (1456), venerata come “Madonna delle Grazie”, dipinta da Giovanni da Piamonte, seguace ed aiuto di Piero della Francesca che qui ha lasciato l’unica sua opera firmata e datata. L’opera, oggetto di grande devozione da parte dei tifernati, in passato veniva scoperta alla venerazione dei fedeli soltanto due volte l’anno, il 26 agosto per la festa liturgica e il 2 febbraio, festa della Presentazione di Gesù al Tempio; di recente invece il 26 di ogni mese. Nella chiesa sono conservati due dipinti del pittore tifernate Giovanni Ventura Borghesi: vicino all’ingresso principale sulla destra si trova Cristo risana la cancrena a San Pellegrino e in sacrestia la Vergine e i sette fondatori dell’Ordine dei Serviti, (fine del XVII secolo). Adiacente alla chiesa è l’ex Convento servita, dove nel secolo scorso ebbero sede il “pellagrosario” e successivamente una sezione dell’Ospedale Psichiatrico di Perugia.